Archive ouverte HAL

Binder NbViewer

Archive ouverte HAL#

L’objectif de ce carnet Jupyter est l’analyse des documents archivés du LURPA sur le plateforme HAL.

Les fonctionnalités majeures de ce carnet sont :

  • Reproductivité par utilisation de données disponible par une API http en ligne (mise en oeuvre avec le module requests)

  • Interactivité par utilisation du module ipywidgets

Ses autres fonctionnalités

  • Affichage tabulaire par utilisation du module pandas

  • Affichage de courbe par utilisation du module Matplotlib.

L’API de HAL#

L’API est disponible à l’url https://api.archives-ouvertes.fr/search/

Le tableau ci-dessous présente des exemples de champs disponibles avec l’API

Nom

Type

Description

docid

str

identifiant unique du document, exemple : « 00123456 »

halId_s

str

identifiant HAL du document, exemple : « hal-00123456 »

uri_s

str

URI du document, exemple : « https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00123456 »

docType_s

str

type du document, exemple « ART », « COMM », « COUV », « DOUV », « POSTER », « OTHER », « REPORT », « THESE », « HDR », « LECTURE », « MEM », « OUV », « PATENT », « THESEHDR », « UNDEFINED »

producedDateY_i

int

année de production du document, exemple : 2023

label_s

str

Texte avec les auteur, le titre et l’année de production du document, ememple : « Merle Guillaume, Roussel Jean-Marc, Lesage Jean-Jacques. A new method for the analysis of the dynamic behavior of a structure with uncertain parameters. 2023. »

title_s

str

titre du document, exemple : « A new method for the analysis of the dynamic »

authLastNameFirstName_s

list

liste de noms d’auteurs, exemple : [“Merle Guillaume”, “Roussel Jean-Marc”, “Lesage Jean-Jacques”]

fileAnnexes_s

list

liste de fichiers annexes, exemple : [”https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00123456/file/00123456.pdf”]

keyword_s

list

liste de mots clés, exemple : [“keyword1”, “keyword2”, “keyword3”]

Codage#

importation des modules nécessaires#

import requests
import pandas as pd
import ipywidgets as widgets
import matplotlib.pyplot as plt

Collecte et structuration des données d’une requête#

Fonction

Desctiption

get_docs_from_hal()

Interroge l’API. Par défaut les références de 1000 documents du lurpa sont renvoyées, contenant les champs docid, docType_s, producedDateY_i, title_s, authLastNameFirstName_s et fileAnnexes_s

build_tables()

Structure les données en créant 4 tables à partir du retour d’un retour de l’API : les documents (pandas.DataFrame), les auteurs (list), l’association auteur-document (pandas.DataFrame) et les type de document (list)

display_doc_fields()

Affiche pour la mise au point chaque item (clé, type de la valeur, valeur) d’un document renvoyé par l’API

 
def get_docs_from_hal(
    api_url="https://api.archives-ouvertes.fr/search/", 
    identifiers_id="lurpa",
    number_of_docs=1000,
    field_list=[
        "docid",
        "docType_s",
        "producedDateY_i",
        "title_s",
        "authLastNameFirstName_s",
        "fileAnnexes_s",
    ]
    ):
    """Get documents from HAL api for identifiers_id.
    
    Parameters
    ----------
    api_url : str
        URL of the HAL api.
    identifiers_id : str
        Exemple "lurpa" to get docs of LURPA laboratory..
    number_of_docs : int
        Number of documents to retrieve.
    field_list : list of str
        List of fields to retrieve.
    
    Returns
    -------
    list of dict
        List of dictionaries where keys are document fields.
    """
    params = {
        "q": f"identifiers_id:{identifiers_id}",
        "rows": number_of_docs,
        "sort" : "producedDateY_i asc",
        "wt": "json",  
        "fl": ",".join(field_list),
    }
    data = requests.get(api_url, params=params).json()
    return data["response"]["docs"]

def build_tables(doc_list):
    """Build a tables from list of documents.
    
    Parameters
    ----------
    doc_list : list of dict
        List of documents.
    
    Returns
    -------
    df_doc : pandas.DataFrame
        List of documents with folowing fields :
        doc_id, année, type, auteurs, title_s.
    df_author_doc : pandas.DataFrame
        List of couple (author name, docid).
    author_list : list of str
        List of authors.
    doc_type_list : list of str
        List of document types.
    """
    doc_table = list() 
    author_doc_table = list()
    
    for record in get_docs_from_hal(identifiers_id="lurpa"):
        doc_table.append(
            [record["docid"],
            record["producedDateY_i"],
            record["docType_s"],
            record["authLastNameFirstName_s"],
            record["title_s"]]
        )
        # update author list
        for a_name in record["authLastNameFirstName_s"]:
            author_doc_table.append([a_name, int(record["docid"])])
                
    df_doc = pd.DataFrame(
        doc_table, 
        columns=["doc_id", "année", "type", "auteurs", "titre"],
    )

    df_author_doc = pd.DataFrame(
        author_doc_table,
        columns=["auteur", "doc_id"],
    )

    author_list = list(
        df_author_doc.sort_values(by="auteur")["auteur"].unique()
    )
    doc_type_list = list(df_doc.sort_values(by="type")["type"].unique())
    
    return df_doc, df_author_doc, author_list, doc_type_list

def display_doc_fields(doc: dict):
    """Display for debug each item (key, value type, value) from doc."""
    for k in doc.keys():
        print("{} ({}):\n{}\n-----".format(k, type(doc[k]), doc[k]))

Exemple d’utilisation #1#

Envoi d’une requête pour obtenir 10 documents de l”ENS-PARIS-SACLAY avec tous leurs champs associés. Affichage de tous les champs collectés pour le document recupéré d’indice 5.

doc_list = get_docs_from_hal(
    number_of_docs=10,
    identifiers_id="ENS-PARIS-SACLAY",
    field_list=["*"]
)

Affichage de tous les champs collectés pour le document recupéré d’indice 5.

display_doc_fields(doc_list[5])

docid (<class 'str'>):
4400983
-----
label_s (<class 'str'>):
Marc Rabaud, Y. Couder, N. Gerard. Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers. Physical Review A, 1988, 37 (3), pp.935-947. &#x27E8;10.1103/PhysRevA.37.935&#x27E9;. &#x27E8;hal-04400983&#x27E9;
-----
citationRef_s (<class 'str'>):
<i>Physical Review A</i>, 1988, 37 (3), pp.935-947. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.37.935">&#x27E8;10.1103/PhysRevA.37.935&#x27E9;</a>
-----
citationFull_s (<class 'str'>):
Marc Rabaud, Y. Couder, N. Gerard. Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers. <i>Physical Review A</i>, 1988, 37 (3), pp.935-947. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.37.935">&#x27E8;10.1103/PhysRevA.37.935&#x27E9;</a>. <a target="_blank" href="https://hal.science/hal-04400983">&#x27E8;hal-04400983&#x27E9;</a>
-----
label_bibtex (<class 'str'>):
@article{rabaud:hal-04400983,
  TITLE = {{Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers}},
  AUTHOR = {Rabaud, Marc and Couder, Y. and Gerard, N.},
  URL = {https://hal.science/hal-04400983},
  JOURNAL = {{Physical Review A}},
  PUBLISHER = {{American Physical Society }},
  VOLUME = {37},
  NUMBER = {3},
  PAGES = {935-947},
  YEAR = {1988},
  MONTH = Feb,
  DOI = {10.1103/PhysRevA.37.935},
  HAL_ID = {hal-04400983},
  HAL_VERSION = {v1},
}

-----
label_endnote (<class 'str'>):
%0 Journal Article
%T Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers
%+ Groupe de Physique des Solides (GPS)
%A Rabaud, Marc
%A Couder, Y.
%A Gerard, N.
%< avec comité de lecture
%@ 2469-9926
%J Physical Review A
%I American Physical Society
%V 37
%N 3
%P 935-947
%8 1988-02-01
%D 1988
%R 10.1103/PhysRevA.37.935
%Z Physics [physics]Journal articles
%X The existence of anomalous Saffman-Taylor fingers when a localized disturbance is applied at their tip has been demonstrated by several recent experiments. We show that they form a well-defined family with strong similarities with crystalline dendrites. They are narrower and more stable than normal fingers, their tip is parabolic, and its radius of curvature ρ is proportional to the capillary length I_0. For very large velocities, saturation occurs when ρ becomes of the order of the plate spacing. Using localized disturbance and periodic forcing we characterize the amplification of waves on their lateral fronts and we then discuss some implications for dendritic crystalline growth.
%G English
%L hal-04400983
%U https://hal.science/hal-04400983
%~ UNIV-PARIS7
%~ UPMC
%~ CNRS
%~ SORBONNE-UNIVERSITE
%~ UNIV-PARIS
%~ ALLIANCE-SU

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label_coins (<class 'str'>):
<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rft.type=journal&amp;rft.identifier=https%3A%2F%2Fhal.science%2Fhal-04400983&amp;rft.identifier=hal-04400983&amp;rft.identifier=doi%3A10.1103%2FPhysRevA.37.935&amp;rft.title=Dynamics%20and%20stability%20of%20anomalous%20Saffman-Taylor%20fingers&amp;rft.creator=Rabaud%2C%20Marc&amp;rft.creator=Couder%2C%20Y.&amp;rft.creator=Gerard%2C%20N.&amp;rft.language=en&amp;rft.date=1988-02-01&amp;rft.source=Physical%20Review%20A"></span>
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False
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audience_s (<class 'str'>):
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domainAllCode_s (<class 'list'>):
['phys']
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['phys']
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domain_s (<class 'list'>):
['0.phys']
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fr_domainAllCodeLabel_fs (<class 'list'>):
['phys_FacetSep_Physique [physics]']
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['phys_FacetSep_Physics [physics]']
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['phys_FacetSep_domain_phys']
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phys
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en_title_s (<class 'list'>):
['Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers']
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title_s (<class 'list'>):
['Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers']
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abstract_s (<class 'list'>):
['The existence of anomalous Saffman-Taylor fingers when a localized disturbance is applied at their tip has been demonstrated by several recent experiments. We show that they form a well-defined family with strong similarities with crystalline dendrites. They are narrower and more stable than normal fingers, their tip is parabolic, and its radius of curvature ρ is proportional to the capillary length I_0. For very large velocities, saturation occurs when ρ becomes of the order of the plate spacing. Using localized disturbance and periodic forcing we characterize the amplification of waves on their lateral fronts and we then discuss some implications for dendritic crystalline growth.']
-----
en_abstract_s (<class 'list'>):
['The existence of anomalous Saffman-Taylor fingers when a localized disturbance is applied at their tip has been demonstrated by several recent experiments. We show that they form a well-defined family with strong similarities with crystalline dendrites. They are narrower and more stable than normal fingers, their tip is parabolic, and its radius of curvature ρ is proportional to the capillary length I_0. For very large velocities, saturation occurs when ρ becomes of the order of the plate spacing. Using localized disturbance and periodic forcing we characterize the amplification of waves on their lateral fronts and we then discuss some implications for dendritic crystalline growth.']
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Physical Review A
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['339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides', '259595-0_FacetSep_Y. Couder_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides', '298606-0_FacetSep_N. Gerard_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides']
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structPrimaryHasAuthId_fs (<class 'list'>):
['54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_259595-0_FacetSep_Y. Couder', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_298606-0_FacetSep_N. Gerard']
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structPrimaryHasAuthIdHal_fs (<class 'list'>):
['54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_marc-rabaud_FacetSep_Rabaud Marc', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_Couder Y.', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_Gerard N.']
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structPrimaryHasAlphaAuthId_fs (<class 'list'>):
['R_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Rabaud Marc', 'C_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_259595-0_FacetSep_Couder Y.', 'G_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_298606-0_FacetSep_Gerard N.']
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structPrimaryHasAlphaAuthIdHal_fs (<class 'list'>):
['R_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_marc-rabaud_FacetSep_Rabaud Marc', 'C_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_Couder Y.', 'G_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_Gerard N.']
-----
structPrimaryHasAlphaAuthIdHalPersonid_fs (<class 'list'>):
['R_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_marc-rabaud_FacetSep_747378_FacetSep_Rabaud Marc', 'C_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_0_FacetSep_Couder Y.', 'G_AlphaSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep__FacetSep_0_FacetSep_Gerard N.']
-----
authIdHasStructure_fs (<class 'list'>):
['339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides', '339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud_JoinSep_93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6', '339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud_JoinSep_300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7', '339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud_JoinSep_441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique', '259595-0_FacetSep_Y. Couder_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides', '259595-0_FacetSep_Y. Couder_JoinSep_93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6', '259595-0_FacetSep_Y. Couder_JoinSep_300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7', '259595-0_FacetSep_Y. Couder_JoinSep_441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique', '298606-0_FacetSep_N. Gerard_JoinSep_54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides', '298606-0_FacetSep_N. Gerard_JoinSep_93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6', '298606-0_FacetSep_N. Gerard_JoinSep_300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7', '298606-0_FacetSep_N. Gerard_JoinSep_441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique']
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structHasAuthId_fs (<class 'list'>):
['54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud', '93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud', '300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud', '441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique_JoinSep_339360-747378_FacetSep_Marc Rabaud', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_259595-0_FacetSep_Y. Couder', '93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6_JoinSep_259595-0_FacetSep_Y. Couder', '300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7_JoinSep_259595-0_FacetSep_Y. Couder', '441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique_JoinSep_259595-0_FacetSep_Y. Couder', '54793_FacetSep_Groupe de Physique des Solides_JoinSep_298606-0_FacetSep_N. Gerard', '93591_FacetSep_Université Pierre et Marie Curie - Paris 6_JoinSep_298606-0_FacetSep_N. Gerard', '300301_FacetSep_Université Paris Diderot - Paris 7_JoinSep_298606-0_FacetSep_N. Gerard', '441569_FacetSep_Centre National de la Recherche Scientifique_JoinSep_298606-0_FacetSep_N. Gerard']
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structHasAuthIdHal_fs (<class 'list'>):
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<TEI xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:hal="http://hal.archives-ouvertes.fr/" version="1.1" xsi:schemaLocation="http://www.tei-c.org/ns/1.0 http://api.archives-ouvertes.fr/documents/aofr-sword.xsd">  <teiHeader>    <fileDesc>      <titleStmt>        <title>HAL TEI export of hal-04400983</title>      </titleStmt>      <publicationStmt>        <distributor>CCSD</distributor>        <availability status="restricted">          <licence target="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License</licence>        </availability>        <date when="2024-03-28T09:36:13+01:00"/>      </publicationStmt>      <sourceDesc>        <p part="N">HAL API platform</p>      </sourceDesc>    </fileDesc>  </teiHeader>  <text>    <body>      <listBibl>        <biblFull>          <titleStmt>            <title xml:lang="en">Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers</title>            <author role="aut">              <persName>                <forename type="first">Marc</forename>                <surname>Rabaud</surname>              </persName>              <email type="md5">ce5a78dbc01327241b92f698904d8660</email>              <email type="domain">universite-paris-saclay.fr</email>              <idno type="idhal" notation="string">marc-rabaud</idno>              <idno type="idhal" notation="numeric">747378</idno>              <idno type="halauthorid" notation="string">339360-747378</idno>              <idno type="ORCID">https://orcid.org/0000-0003-1527-4744</idno>              <affiliation ref="#struct-54793"/>            </author>            <author role="aut">              <persName>                <forename type="first">Y.</forename>                <surname>Couder</surname>              </persName>              <idno type="halauthorid">259595-0</idno>              <affiliation ref="#struct-54793"/>            </author>            <author role="aut">              <persName>                <forename type="first">N.</forename>                <surname>Gerard</surname>              </persName>              <idno type="halauthorid">298606-0</idno>              <affiliation ref="#struct-54793"/>            </author>            <editor role="depositor">              <persName>                <forename>Marc</forename>                <surname>Rabaud</surname>              </persName>              <email type="md5">ce5a78dbc01327241b92f698904d8660</email>              <email type="domain">universite-paris-saclay.fr</email>            </editor>          </titleStmt>          <editionStmt>            <edition n="v1" type="current">              <date type="whenSubmitted">2024-01-17 16:18:48</date>              <date type="whenModified">2024-03-28 09:34:16</date>              <date type="whenReleased">2024-01-17 16:18:48</date>              <date type="whenProduced">1988-02-01</date>            </edition>            <respStmt>              <resp>contributor</resp>              <name key="98781">                <persName>                  <forename>Marc</forename>                  <surname>Rabaud</surname>                </persName>                <email type="md5">ce5a78dbc01327241b92f698904d8660</email>                <email type="domain">universite-paris-saclay.fr</email>              </name>            </respStmt>          </editionStmt>          <publicationStmt>            <distributor>CCSD</distributor>            <idno type="halId">hal-04400983</idno>            <idno type="halUri">https://hal.science/hal-04400983</idno>            <idno type="halBibtex">rabaud:hal-04400983</idno>            <idno type="halRefHtml">&lt;i&gt;Physical Review A&lt;/i&gt;, 1988, 37 (3), pp.935-947. &lt;a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.37.935"&gt;&amp;#x27E8;10.1103/PhysRevA.37.935&amp;#x27E9;&lt;/a&gt;</idno>            <idno type="halRef">Physical Review A, 1988, 37 (3), pp.935-947. &amp;#x27E8;10.1103/PhysRevA.37.935&amp;#x27E9;</idno>          </publicationStmt>          <seriesStmt>            <idno type="stamp" n="UNIV-PARIS7" corresp="UNIV-PARIS">Université Denis Diderot - Paris VII</idno>            <idno type="stamp" n="UPMC" corresp="SORBONNE-UNIVERSITE">Université Pierre et Marie Curie</idno>            <idno type="stamp" n="CNRS">CNRS - Centre national de la recherche scientifique</idno>            <idno type="stamp" n="SORBONNE-UNIVERSITE">Sorbonne Université</idno>            <idno type="stamp" n="UNIV-PARIS">Université Paris Cité</idno>            <idno type="stamp" n="ALLIANCE-SU"> Alliance Sorbonne Université</idno>          </seriesStmt>          <notesStmt>            <note type="audience" n="2">International</note>            <note type="popular" n="0">No</note>            <note type="peer" n="1">Yes</note>          </notesStmt>          <sourceDesc>            <biblStruct>              <analytic>                <title xml:lang="en">Dynamics and stability of anomalous Saffman-Taylor fingers</title>                <author role="aut">                  <persName>                    <forename type="first">Marc</forename>                    <surname>Rabaud</surname>                  </persName>                  <email type="md5">ce5a78dbc01327241b92f698904d8660</email>                  <email type="domain">universite-paris-saclay.fr</email>                  <idno type="idhal" notation="string">marc-rabaud</idno>                  <idno type="idhal" notation="numeric">747378</idno>                  <idno type="halauthorid" notation="string">339360-747378</idno>                  <idno type="ORCID">https://orcid.org/0000-0003-1527-4744</idno>                  <affiliation ref="#struct-54793"/>                </author>                <author role="aut">                  <persName>                    <forename type="first">Y.</forename>                    <surname>Couder</surname>                  </persName>                  <idno type="halauthorid">259595-0</idno>                  <affiliation ref="#struct-54793"/>                </author>                <author role="aut">                  <persName>                    <forename type="first">N.</forename>                    <surname>Gerard</surname>                  </persName>                  <idno type="halauthorid">298606-0</idno>                  <affiliation ref="#struct-54793"/>                </author>              </analytic>              <monogr>                <idno type="halJournalId" status="VALID">111492</idno>                <idno type="issn">2469-9926</idno>                <idno type="eissn">2469-9934</idno>                <title level="j">Physical Review A</title>                <imprint>                  <publisher>American Physical Society </publisher>                  <biblScope unit="volume">37</biblScope>                  <biblScope unit="issue">3</biblScope>                  <biblScope unit="pp">935-947</biblScope>                  <date type="datePub">1988-02-01</date>                </imprint>              </monogr>              <idno type="doi">10.1103/PhysRevA.37.935</idno>            </biblStruct>          </sourceDesc>          <profileDesc>            <langUsage>              <language ident="en">English</language>            </langUsage>            <textClass>              <classCode scheme="halDomain" n="phys">Physics [physics]</classCode>              <classCode scheme="halTypology" n="ART">Journal articles</classCode>              <classCode scheme="halOldTypology" n="ART">Journal articles</classCode>              <classCode scheme="halTreeTypology" n="ART">Journal articles</classCode>            </textClass>            <abstract xml:lang="en">              <p>The existence of anomalous Saffman-Taylor fingers when a localized disturbance is applied at their tip has been demonstrated by several recent experiments. We show that they form a well-defined family with strong similarities with crystalline dendrites. They are narrower and more stable than normal fingers, their tip is parabolic, and its radius of curvature ρ is proportional to the capillary length I_0. For very large velocities, saturation occurs when ρ becomes of the order of the plate spacing. Using localized disturbance and periodic forcing we characterize the amplification of waves on their lateral fronts and we then discuss some implications for dendritic crystalline growth.</p>            </abstract>          </profileDesc>        </biblFull>      </listBibl>    </body>    <back>      <listOrg type="structures">        <org type="laboratory" xml:id="struct-54793" status="OLD">          <orgName>Groupe de Physique des Solides</orgName>          <orgName type="acronym">GPS</orgName>          <date type="start">1966-01-01</date>          <date type="end">1996-12-31</date>          <desc>            <address>              <addrLine>4 Place Jussieu, 75005 Paris</addrLine>              <country key="FR"/>            </address>          </desc>          <listRelation>            <relation active="#struct-93591" type="direct"/>            <relation active="#struct-300301" type="direct"/>            <relation name="UMR7588 / URA17" active="#struct-441569" type="direct"/>          </listRelation>        </org>        <org type="institution" xml:id="struct-93591" status="OLD">          <idno type="ROR">https://ror.org/02en5vm52</idno>          <orgName>Université Pierre et Marie Curie - Paris 6</orgName>          <orgName type="acronym">UPMC</orgName>          <date type="end">2017-12-31</date>          <desc>            <address>              <addrLine>4 place Jussieu - 75005 Paris</addrLine>              <country key="FR"/>            </address>            <ref type="url">http://www.upmc.fr/</ref>          </desc>        </org>        <org type="institution" xml:id="struct-300301" status="OLD">          <idno type="IdRef">027542084</idno>          <idno type="ISNI">0000000121514068</idno>          <idno type="ROR">https://ror.org/02n7qrg46</idno>          <orgName>Université Paris Diderot - Paris 7</orgName>          <orgName type="acronym">UPD7</orgName>          <date type="end">2019-12-31</date>          <desc>            <address>              <addrLine>5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13</addrLine>              <country key="FR"/>            </address>            <ref type="url">http://www.univ-paris-diderot.fr</ref>          </desc>        </org>        <org type="regroupinstitution" xml:id="struct-441569" status="VALID">          <idno type="IdRef">02636817X</idno>          <idno type="ISNI">0000000122597504</idno>          <idno type="ROR">https://ror.org/02feahw73</idno>          <orgName>Centre National de la Recherche Scientifique</orgName>          <orgName type="acronym">CNRS</orgName>          <date type="start">1939-10-19</date>          <desc>            <address>              <country key="FR"/>            </address>            <ref type="url">https://www.cnrs.fr/</ref>          </desc>        </org>      </listOrg>    </back>  </text></TEI>
-----

Exemple d’utilisation #2#

Envoi de la requête par defaut pour obtenir jusqu’à 1000 documents du lurpa, puis affichage de quelques statistiques.

df_doc, df_author_doc, author_list, doc_type_list = build_tables(
    get_docs_from_hal()
)
print(f"{len(df_doc)} documents collectés ", end="")
print(f"sur la période {df_doc['année'].min()}-{df_doc['année'].max()}")
print(f"{len(author_list)} auteurs")
print(f"{len(doc_type_list)} type de documents :", doc_type_list)

497 documents collectés sur la période 1993-2024
413 auteurs
9 type de documents : ['ART', 'COMM', 'COUV', 'HDR', 'OUV', 'PATENT', 'POSTER', 'THESE', 'UNDEFINED']

Traitement, mise en forme et affichage des résultats d’une requête à l’API#

Fonction

Desctiption

year_limits()

Renvoie l’année de début et de fin d’un intervale d’année formé par un couple d’année.

display_dataframe_for_date_range()

Affiche un tableau des documents compris entre deux années.

display_doc_fields()_for_date_range

Affiche un graphique avec l’histogramme du nombre de document et la camenbert de leur répartition en type pour une période donnée.

 
def year_limits(year_range: list):
    """Returns a valid year limits from input range.
    
    Parameters
    ----------
    year_range: list of two integers
        [begin_year, end_year] where begin_year is the begin of range,
        while end_year is the end of range.
        
    Returns
    -------
    begin_year : int
        first year of range.
    end_year : int
        last year of range.
    """
    begin_year, end_year = year_range
    if begin_year >= end_year:
        end_year = begin_year + 1
    return begin_year, end_year

def display_dataframe_for_year_range(df_doc, year_range=[2018, 2024]):
    """Displays a dataframe in selected period."""
    #
    begin_year, end_year = year_limits(year_range)
    display(
        df_doc.query(f"{begin_year} <= année <= {end_year}")
    )

def analysis_and_display_for_year_range(df_doc, year_range=[2018, 2024]):
    """Draws charts about document read from hal open archive."""
    #
    begin_year, end_year = year_limits(year_range)
    
    # Analysis of documents in the selected period
    # ---------------------------------------------
    #
    filter_str = f"{begin_year} <= année <= {end_year}"
    df_doc_in_selected_period = df_doc.query(filter_str)
    # total number of documents in the selected period 
    doc_num = df_doc_in_selected_period["type"].count()
    # serie of number of documents per type in the selected period 
    s_doc_num_per_type = df_doc_in_selected_period["type"].value_counts()
    # regroups under "Autre", all 
    # Collect the number of thesis and HDR, and items types with less than 
    # 5% of the documents with the aim of grouping them in type "Autre"
    doc_num_min = 0.05 * doc_num
    label_to_group, doc_num_to_group = [], 0
    these_num, hdr_num = 0, 0
    for index, value in s_doc_num_per_type.items():          
        if value <= doc_num_min:
            label_to_group.append(index)
            doc_num_to_group += value
        if index == "THESE":
            these_num = value
        if index == "HDR":
            hdr_num = value
    # remove types with less than 5% of the documents from serie
    s_doc_num_per_type = s_doc_num_per_type.drop(labels=label_to_group)
    # add a new type "Autre" with the number of grouped documents
    s_doc_num_per_type["Autre"] = doc_num_to_group

    # Display the analysis
    print(f"{doc_num} documents sur la périodes, ", end="")
    print(f"dont {these_num} thèses et {hdr_num} HDR.")

    # rename types for better readability
    doc_type_name = {
        "ART": "Article", 
        "COMM": "Conf.", 
        "COUV": "Chapitre", 
        "DOUV": "Document",
        "HDR": "HDR",
        "OUV": "Ouvrage",
        "PATENT": "Brevet",
        "POSTER": "Poster",
        "PROCEEDINGS": "Proceedings",
        "THESE": "Thèse",
        "UNDEFINED": "Non défini",
    }
    s_doc_num_per_type = s_doc_num_per_type.rename(
        lambda x: doc_type_name[x] if x in doc_type_name else x
    )

    # Prepare matplotlib layout
    fig, axs = plt.subplots(nrows=1, ncols=2, figsize=(5, 2))
    
    
    # Draw histogram of documents per year
    # ------------------------------------
    
    df_doc["année"].plot.hist(
        ax=axs[0],
        bins=range(begin_year, end_year+1), 
        rwidth=0.8, 
        #color='#607c8e',
        color='#c2c2f0',
    )
    
    axs[0].set_ylabel("Nombre de documents")
    axs[0].set_title("Distribution par année")
    for item in [
            axs[0].xaxis.label, 
            axs[0].yaxis.label,
            axs[0].title,
            *axs[0].get_xticklabels(),
            *axs[0].get_yticklabels(),
        ]:
        item.set_fontsize(9)

    
    # Draw pie chart of documents per type
    # ------------------------------------
    s_doc_num_per_type.plot.pie(
        ax=axs[1], 
        autopct='%.0f%%', 
        startangle=20,
        pctdistance=0.75,
        wedgeprops=dict(width=0.5),
        colors=['#ff9999','#66b3ff','#99ff99','#ffcc99','#c2c2f0','#ffb3e6'],
        textprops={'fontsize':9},
    )
    axs[1].set_title("Répartition par type")
    axs[1].set_ylabel("")
    axs[1].title.set_fontsize(9)

Exemple d’utilisation#

Affichage du tableau des documents obtenus par la réquête à l’API.

df_doc, df_author_doc, author_list, doc_type_list = build_tables(
    get_docs_from_hal()
)
display_dataframe_for_year_range(df_doc, year_range=[2018, 2024])
doc_id année type auteurs titre
358 1822159 2018 ART [Al-Meslemi Yahya, Anwer Nabil, Mathieu Luc] [Environmental Performance and Key Characteris...
359 1822243 2018 COMM [Marxer Michael, Rocha Luis, Anwer Nabil, Savi... [New development and distribution concepts for...
360 1705250 2018 ART [Viprey F, Nouira Hichem, Lavernhe Sylvain, To... [Exploitation of a novel thermo-invariant Mult...
361 2161341 2018 COMM [Xiao Jinhua, Durupt Alexandre, Anwer Nabil, L... [Process information model based on STEP for p...
362 2068508 2018 ART [Aucejo Mathieu, de Smet Olivier] [On a full Bayesian inference for force recons...
... ... ... ... ... ...
492 4397919 2023 COMM [Tournier Christophe, Ettaieb Kamel, Godineau ... [Stratégies de pilotage à grande vitesse en fu...
493 4432813 2023 COMM [Wang Xingzhi, Liu Ang, Anwer Nabil, Dai Yun] [ChatGPT for design, manufacturing, and educat...
494 4576500 2024 ART [Hachem Khalil, Quinsat Yann, Tournier Christo... [Modal approach based on global stereocorrelat...
495 4542906 2024 ART [Hustiu Sofia, Mahulea Cristian, Kloetzer Mari... [On Multi-Robot Path Planning based on Petri N...
496 4587283 2024 ART [Muller Nicolas, Quinsat Yann, Tournier Christ... [L-PBF AM process failures causal chain: an FM...

139 rows × 5 columns

Affichage graphique de l’analyse des documents obtenus par la réquête à l’API.

analysis_and_display_for_year_range(df_doc)

139 documents sur la périodes, dont 0 thèses et 0 HDR.
../_images/e854e378dfa806a06809f102617baa7de184145d33007dfee348cb689ad36927.png

Création de widgets#

La création de la widget year_range_widget de type widgets.IntRangeSlider pour saisir l’entendue des années pour lesquelles l’analyse statistique des documents doit se faire.

year_range_widget = widgets.IntRangeSlider(
    value=[2008, 2024],
    min=1980,
    max=2030,
    step=1,
    description="Période d'analyse :",
    disabled=False,
    continuous_update=False,
    orientation="horizontal",
    readout=True,
    readout_format="d",
    style={"description_width": "initial"},
)

Configuration des widgets d’interractions entre la widget year_range_widget et les fonctions préalablement définies analysis_and_display_for_year_range() et display_dataframe_for_year_range().

w1 = widgets.interactive(
    analysis_and_display_for_year_range, 
    year_range=year_range_widget,
    df_doc=widgets.fixed(df_doc),
)

w2 = widgets.interactive(
    display_dataframe_for_year_range,
    year_range=year_range_widget,
    df_doc=widgets.fixed(df_doc),
)

Activation des widgets d’interractions

display(w1, w2)
Contenu